Kallham gehört wie alle Orte auf "heim" oder "ham" zu den ältesten des Landes, schreibt der bedeutsame Chronist Pfarrer Dr. Johann Waslmayr, ein Sohn der Pfarre Kallham, in einer geschichtlichen Abhandlung.
Bald nach der Völkerwanderung und der Besiedlung durch die Bayern zu Beginn des 6. Jahrhunderts dürfte Kallham besiedelt worden sein, urkundlich scheint es erstmals 1120 auf, wobei hier ein Ministerialiengeschlecht der erzbischöflichen Kirche Salzburg seinen Stammsitz hatte, das sich "de Chalheim" nannte. Als erster wird Aldalram de Chalewenheim im Jahr 1120 genannt.
Eine besondere Rolle hat in der Geschichte Kallhams stets die Pfarre gespielt. In den ältesten Passauer Pfarrverzeichnissen erscheint Kallham als Doppelpfarre Taufkirchen-Kallham, wobei Taufkirchen ursprünglich den Vorrang hatte und auch Sitz des gemeinsamen Pfarrers war. Aber Kallham erhielt bald die Oberhand. Dazu trug wohl auch die günstige Verkehrslage bei, denn Kallham liegt an der einstigen römischen Verbindungsstraße Eferding - Braunau und an der sogenannten "Weinstraße". Wein wurde ja früher in Oberösterreich angebaut. Urkundlich wird Kallham als Kirchenort ersmals 1228 erwähnt, als das Kloster St. Nikola bei Passau ein "Gut bei Chaluviham" seinem Verwalter Heinrich zu Landsiedelrech verleiht. Dieser Heinrich war der Provisor oder Vikar der Kirche zu Kallham, das damals eine Filialkirche von Taufkirchen an der Trattnach war, allerdings mit eigener Begräbnisstätte. Der westliche Teil der Pfarre Taufkirchen führte den Namen "Kallhamerpfarr", über die seit dem 13. Jahrhundert ein eigener Vikar gesetzt war. Es war dann am 28. Februar 1598, als der tatkräftige bischöfliche Passauische Rat und Kanonikus von Aschaffenburg und Regensburg, Johannes Grimelius, zum Pfarrer von Taufkirchen ernannt wurde und seinen Wohnsitz nach Kallham verlegte, wodurch Kallham die Hauptpfarre und Taufkirchen zur Filialkirche wurde. Als Hauptpfarre hatte Kallham außer Kimpling noch die Filialkirchen Neumarkt i. H. und Pötting zu betreuen. Kallham war fortan eine der reichst dotierten und bestfundierten Pfarren des Bistums Passau und war fast ausschließlich den Domherren und Weihbischöfen von Passau vorbehalten. So war in der Reihe der berühmten Namen unter den Pfarrern von Kallham auch Karl Cajetan Reichsgraf Kardinal Gaisruck, Weihbischof von Passau, der von 1801 bis 1818 persönlich im Pfarrhof Kallham residierte und hier seine Obliegenheiten als Weihbischof und Generalvikar des bayrischen Anteils Oberösterreichs in der Franzosenzeit verrichtete. Gaisruck wurde 1818 vom Kaiser zum Erzbischof des damals österreichischen Mailand ernannt und später vom Papst zum Kardinal erhoben.
Die heutige Kirche von Kallham wurde ursprünglich 1736 geweiht. In ihr liegen unter anderem Caspar Nimbtsch vom Schenenwald zu Zell (1574 gestorben) und Hanns Vatersheimer, der Stifter des Benefizums St. Wolfgang, begraben. In der Pfarre Kallham liegt auch die Filialkirche zum hl. Laurentius in Kimpling.
Zu den alten Bereichen der Gemeinde gehört die Ortschaft Erlach. Schon 1094 wird das Schloss Erlach urkundlich erwähnt. Das Landgericht des einst bedeutsamen Erlach umfasste die Pfarre Taufkirchen an der Trattnach, den Filialbezirk Dorf an der Pram, das Vikariat Pram und Michaelnbach mit St. Thomas, den größten Teil der Pfarre St. Marien, den nördlichen Teil der Pfarre Grieskirchen und die Hofmark Riedau. Das Landgericht Erlach hatte zuerst den Grafen von Formbach gehört, die 1159 ausgestorben sind, dann den Grafen von Schaunberg, später den Starhembergern, den Jörgern und den Grafen von Weißenwolff sowie den Grafen Revertera. Im spanischen Erbfolgekrieg (1701-1714) wurde das Wasserschloss mit Palisaden umgeben und dort ein Hauptmagazin eingerichtet. Der österreichische Hauptmann Martin Fueger, der sich in Schloss Erlach verschanzte, er ergab sich auf Bitten der Bauern, wurde aber von den Feinden verwundet und lebend in ein brennendes Haus geworfen.
Interessant in der Ortsgschichte ist auch Schildorf. Dort steht ein vom Schlossermeister Ferdinand Raab aus Neumarkt/H. im Jahre 1926 geschaffenes, schönes schmiedeeisenes Kreuz, das an die erbitterten Abwehrkämpfe erinnert, die Kallham als zeitweilige Grenzgemeinde zu Bayern erlebte. So an das Gefecht mit den Bayern im Jahr 1704, als Kallham mitsamt der Kirche in Flammen aufging, und an das Jahr 1809, als es mit den Franzosen hier zu einem unglücklichen Kampf kam.
Die Gemeinde Kallham war zwischen 1870 und 1938 selbständig, wurde dann bis 1. Jänner 1947 mit der Nachbargemeinde Neumarkt i. H. zu einer Verwaltungsgemeinschaft zusammengeschlossen und ist seither wieder selbständig.
